La Sociedad de Beneficencia de Arequipa fue creada un 28 de octubre de 1848 e instalada el primero de diciembre del mismo año con el nombre de Junta de Beneficencia Departamental de Arequipa, durante el período republicano del primer gobierno de Don Ramón Castilla (1845 – 1851). En sus inicios la Junta de Beneficencia Departamental de Arequipa fue concebida para atender, en general, a la gente más necesitada de la región para cuya misión se le entregó la administración de Instituciones que ya efectuaban labores sociales y benéficas en forma aislada tales como el Hospital San Juan de Dios, el Orfelinato Chaves de la Rosa (data de 1794). Escuela de Primeras Letras, El Cementerio General de la Apacheta (data de 1833), el Balneario de Jesús (data de 1802).

El propósito de su creación fue centralizar todas las acciones gubernamentales orientadas a atender las necesidades de la población carente de recursos y en abandono en una Institución sólida, es así que nace el hoy denominada Sociedad de Beneficencia de Arequipa, que se consolidó gracias al segundo impulso que recibió en el segundo gobierno de Don Ramón Castilla (1858-1862).

El Proceso de consolidación de la Sociedad de Beneficencia de Arequipa se desarrolló durante un período largo de tiempo que abarca desde 1900 hasta 1985, a lo largo de este período, esta Institución benéfica supo añadirle a su rol de ayuda social, el rol activo de generador de recursos, en esa dirección se implementaron programas productivos como la Planta Embotelladora del Agua de Jesús, la Lotería de Arequipa, el Hotel Presidente (hoy Hotel Arequipa), una Imprenta y el alquiler de inmuebles.

Gracias a la explotación de estos programas productivos se incrementó la cobertura de la población objetivo atendida focalizada en: los niños huérfanos (CAR Chaves de la Rosa), ancianos desvalidos (Albergue de Jesús), enfermos mentales (CAR Las Mecedes), mujeres que sufren violencia intrafamiliar (Hogar de María).